Різница між магістрами спеціалізацій інженерія програмного забезпечення і програмне забезпечення систем полягає в тому, що підготовка магистра з другої спеціалізації є більш звуженою ніж з першої, — бачимо це з назви специалізації. Це можна побачити виходячи з аналізу відповідних навчальних планів. Приймаючи до уваги, що бакалаврат у обох магістрів однаковий, то загальна інженерна підготовка цих магістрів теж однакова. Алє магістр з інженерії програмного забезпечення готується до праці (наукової, викладацької) в домені, в якому програмне забезпечення систем є тількі його частина.